Das Projektmanagement dient als Instrument zur Sicherung der inhaltlichen, termingerechten und qualitätsorientierten Abwicklung aller Teilbereiche der Unternehmung Klima- und Energiemodellregion Krems. Die Einbindung aller Stakeholder und deren Koordination sowie eine allfällige Intervention bei Problemen sind wesentliche Bestandteile des Projektcontrollings. Auch auf die Gewinnung neuer Interessenten und Stakeholder wird im Projektmanagement der KEM viel Wert gelegt. 

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Der Modellregionsmanager ist die zentrale Anlaufstelle für alle Belange der KEM und wird von dem fünfköpfigen KEM Kernteam bestehend aus Experten, Politikern und Verwaltungsmitarbeitern unterstützt. Bei Bedarf wird die Unterstützung um thematische Arbeitsgruppen ergänzt. Hauptaufgabe des Kernteams ist die strategische und inhaltliche Planung von allen KEM Aktivitäten. In regelmäßig stattfindenden Kernteamsitzungen werden die Zielerreichung der Maßnahmen sowie einzelne Arbeitsschritte erarbeitet.

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Im Qualitätsmanagement wird der MRM durch die externe Betreuung der KEM QM-Beraterin Ing. Eva Otepka (NÖ Energie- und Umweltagentur GmbH) unterstützt um eine konstant bleibende Qualität der Maßnahmen zu gewährleisten. Die planmäßige Umsetzung der Projekte und die Einhaltung der angestrebten Zeitpläne soll durch die schriftliche Dokumentation der einzelnen Arbeitsschritte sichergestellt werden.